Podporu přeshraničních projektů v České republice můžeme rozdělit do následujících skupin:
Rámcové podmínky pro evropské programy podpory se v České republice odlišují od těch v Německu pouze v detailech. Tyto programy jsou popsány v kapitole "Prostředky podpory v Německu". Od 1. ledna 2004 smí Česká republika využívat všech fondů EU tak jako ostatní členské země Evropské unie. Tak vlastně podpora z EU předcházela vlastnímu členství v EU..
Státní programy jsou v naprosté většině vypisovány ministerstvy, přičemž největší podíl finančních prostředků směřuje na podporu malých a středních podniků (MSP). Programy pro MSP jsou vypisovány nejčastěji Ministerstvem hospodářství. Jedná se většinou o zvýhodněné úvěry, méně často o přímé dotace. Ministerstvo pro místní rozvoj však také nabízí finanční prostředky v programech podpory obnovy venkova, podpory cestovního ruchu a regionálního rozvoje.
Další rovinu podpory tvoří regionální programy. Jsou vypisovány kraji, ale i ministerstvy, pokud jso určeny pro specifický region. Regionální podpora ze strany krajů se stává stále výraznější, ucelenější a strukturovanější. Ve většině případů je založena na regionálních rozvojových programech jednotlivých krajů. Také podniky a nositelé si již zvykly na tuto regionalizaci podpory. V každém kraji probíhá podpora jinou formou. Kromě různých výpomocí a programů podpory lze žádat o přímou podporu z krajských rozpočtů. Směrnice pro tuto podporu jsou vypracovávány jednotlivými kraji. Žádosti musí být doručeny příslušnému referátu krajského úřadu, který rozhoduje ve výběrovém řízení o povolení jednoročního příspěvku. Možná je i podpora projektů v rovině komunální.
Celkově můžeme označit situaci v oblasti finanční podpory přeshraničních projektů v Česku za nepříliš dobrou. V podstatě nejsou přímo vypisovány programy pro podporu přeshraniční spolupráce. Projektové záměry a myšlenky proto musí být přizpůsobovány na existující programy.
Důležitou a do budoucna přibývající měrou významnější roli hraje podpora z nadací a spolků. Již existuje řada nadací, které finančně podporují česko-německou spolupráci. Práce nadací v Česku a Německu se výrazně neodlišuje, také podávání žádostí je zcela srovnatelné. Další informace o podpoře z nadací naleznete zde.